Nem kezdte túl jól az első idényét Louis van Gaal a Bayern München kispadján: három meccsen két pont a bajnokságban, a Bajnokok Ligájában pedig négy forduló után csupán három pontot szerzett a csapat.
A 2009–2010-es kiírásban végül a Bundesligát és a Német Kupát is megnyerték a bajorok, a BL-döntőben pedig a José Mourinho vezette Intertől kaptak ki 2–0-ra, de jó néhány pillanatban tűnt úgy, hogy a Bayern hamarabb kiesik a legrangosabb európai kupasorozatból.
A negyeddöntő első meccsén Wayne Rooney góljával vezetett a Manchester United, majd Franck Ribéry a 77. percben egyenlített, végül Ivica Olic a 92. percben győztes gólt szerzett.
A visszavágón 41 perc után már 3–0 volt a „vörös ördögöknek”, de Olic még a félidő előtt szépíteni tudott, majd Nicola Rizzoli játékvezető kiállította Rafaelt és minden megváltozott. Franck Ribéry szögletét kapásból vágta be Edwin van der Saar kapujába honfitársa, Arjen Robben a 74. percben. Az állás már nem változott, 3–2 lett a végeredmény, így a holland pompás találatának köszönhetően, idegenben szerzett több góllal jutott tovább az Old Traffordon a Bayern München.