A korábban több bolíviai elnök személyes pilótájaként dolgozó, nyugalmazott repülőtábornok Gustavo Vargast a tragédia körülményeinek felderítésére indított nyomozás megállapításai után vették őrizetbe. Irodájában dokumentumokat és számítógépeket foglaltak le, ezeket két teherautóval szállították el. Az EFE hírügynökség jelentése szerint Vargast Santa Cruz városában vették őrizetbe, majd a kerületi ügyész irodájába vitték. A letartóztatásra a bolíviai, brazil és kolumbiai nyomozó hatóságok közös találkozója után került sor.
Néhány órával korábban a bolíviai ügyészség emberei a légi irányító és reptéri adminisztrációs szerv (AASANA) irodáit is átkutatták, külön figyelmet szentelve a szerencsétlenül járt járat pilótájával kommunikáló bolíviai légi irányító, Celia Castedo feljegyzéseinek.
Castedo hétfőn Brazíliába utazott és menedéket kért az országban. A légi irányító a baleset előtt már a bolíviai felszállásnál jelezte a fenntartásait, miután észrevette, hogy a hatótávolsága határán levő gépnek minden üzemanyaga elfogyhat a tervezett útvonalon, és nincs biztonsági tartalék vészhelyzet esetére. A főügyészi hivatal szerint Castedo nem jelentette megfelelően az aggályait. A bolíviai belügyminisztérium szerint a légi irányító törvénytelenül hagyta el az országot, cselekedete menekülés az igazságszolgáltatás elől.
A bolíviai főügyész, Ramiro Guerrero kedden kijelentette, hogy amennyiben a nyomozás egyértelműen megállapítja a felelősséget, a felelős(ök) ellen emberölés miatt emelhetnek vádat.