Az indián származású Thorpe-ot az akkori amatőrizmussal kapcsolatos szigorú szabályok megsértése miatt fosztották meg elsőségeitől. A NOB 110 évvel azután állította vissza győzelmeit, hogy megnyerte a tízpróbát, majd V. Gusztáv svéd király a záróünnepség alatt a „világ legjobb sportolójának” nevezte.
Thorpe két nyáron is pénzt kapott azért – állítólag 25 dollárt –, mert egy alsóbb osztályú baseballcsapatban játszott, márpedig ez szembement a modern olimpiai mozgalom korai időszakában irányadó felfogásként jelenlévő amatőrizmussal. Ezért megfosztották aranyérmeitől, ezt tartják az első nagyobb nemzetközi sportbotránynak.
Az AP amerikai hírügynökség szavazásán a 20. század első felének legjobb sportolójává választott Thorpe családja 1982-ben – 29 évvel a halála után – megkapta aranyérmei másolatát a NOB-tól, olimpiai rekordjait azonban nem állították vissza, ahogy a státuszát sem a két szám egyedüli győzteseként.
Két éve egy petícióban követelték, hogy nevezzék meg őt jog szerinti aranyérmesnek öttusában és tízpróbában, miután a NOB hivatalos listáiban akkor társbajnokként szerepelt.
A Nemzetközi Atlétikai Szövetség (WA) ugyancsak egyetértett abban, hogy eredményei kerüljenek be a hivatalos listákba.
Thorpe ötpróbában legközelebbi riválisa pontszámának háromszorosát szerezte meg, tízpróbában pedig 688 ponttal ért el többet a második helyezettnél.