A víz minőségének vizsgálata során kimutatták, hogy az E. coli baktérium szintje elérte a megengedett érték hússzorosát, míg az ürülékből származó Coliform baktériumoké hétszer magasabb volt a határértéknél, ezt a szervezők szerdán jelentették be.
A szakértők július és szeptember között 26 napon keresztül vettek vízmintákat, és arra a megállapításra jutottak, hogy a sportági szövetségek által meghatározott minőségi előírások a nyílt vízi úszás esetében tíz, míg a triatlonnál csak hat napon teljesültek.
A japán szervezők ígéretet tettek, hogy a sportolók egészségének biztonsága érdekében javítják a víz minőségét, illetve fontolóra veszik annak lehetőségét, hogy az időjárási körülményeknek megfelelően módosítsák a versenyszámok időpontját.
A nyílt vízi úszók és a triatlonosok versenyhelyszíne, az Odaiba Marine Park a Tokiói-öböl egyik népszerű turisztikai kerületében található.