Javier Saviola 2001 és 2007 között állt az FC Barcelona alkalmazásában – közben egy-egy idényt eltöltött kölcsönben az AS Monacónál és a Sevillánál –, ez idő alatt 174 mérkőzésen 72 gólt szerzett a katalán egylet színeiben. Szerződése lejártával, 2007 nyarán a Real Madridhoz igazolt, annak ellenére, hogy a Barcelona akkori középpályása, a később klublegendává váló Xavi hallani sem akart erről a lehetőségről.
„Barcelonában annyira fanatikusak voltak az emberek, hogy Xavi azt mondta nekem, »Haver, eszedbe ne jusson! Ne merészeld! Ha mégis, vége a barátságunknak« – emlékezett vissza tizenhárom évvel ezelőtti klubváltására az ESPN egyik rádióműsorában a korábbi argentin válogatott támadó, aki röviden csak ennyit válaszolt spanyol csapattársának: – A saját utamat kell járnom.”
Saviola két évet töltött el a Real Madridnál, 31 mérkőzésen ötször volt eredményes a királyiaknál, és két trófeát (egy bajnoki címet és egy spanyol Szuperkupát) nyert a csapattal.