Véget értek Ailton megpróbáltatásai Törökországban, ugyanis a Bundesliga élvonalában szereplő Hamburg kölcsönvette a brazil futballistát.
A csatár fél éve igazolt a török Besiktashoz, de nem érezte jól magát. Az északnémet együttes félmillió euróért kölcsönvette a szezon végéig a korábbi gólkirályt, s opciós jogót szerzett, hogy a nyáron kétmillióért végleg megvehesse.
Ailton a 2003/04-es bajnokságban bajnoki címet szerzett a Werderrel, s 28 góljával gólkirály lett, majd elment a Schalkéhez.