A kolumbiai futballista 1994-ben a Cortuluában kezdte a pályafutását, majd a Deportivo Caliban és a River Plate-ben eltöltött évek után 2002-ben igazolt át Európába. Franciaországban a Nantes-ot két, míg a PSG-t négy évig erősítette, ezután Olaszországba vezetett az útja, ahol a Chievóban két, a Milanban három, az Atalantában pedig egy szezont húzott le.
Másfél évvel ezelőtt az argentin San Lorenzóhoz szerződött, melynek játékosaként 2014-ben döntőt játszott a klubvilágbajnokságon.
Az olasz bajnok és olasz Szuperkupa-győztes játékos a kolumbiai válogatott tagjaként 2001-ben megnyerte a Copa Américát, a címeres mezt 102 alkalommal öltötte magára.
A hírek szerint Yepes hazája nemzeti csapatának koordinátoraként tevékenykedik a jövőben.