Bonieket 2012-ben választották meg a szövetség elnökének, s 2016-ban újra is választották, ám idén már nem kaphat ismét bizalmat, mert a szabályok nem teszik lehetővé egy harmadik ciklus vállalását. A játékosként a lengyel válogatottban 80 alkalommal pályára lépő Boniek posztjára a sajtó a szintén korábbi válogatott labdarúgó, Marek Kozminskit és a szintén korábbi labdarúgó Cezary Kuleszát tartja.
Közben a Fakt című lengyel lap arról ír, hogy a távozásra készülő Boniek ugyan elnöklése 9 éve alatt nem vett fel fizetést, ám a szövetség fizette számára a lakása bérleti díját, s egy soha ki nem merülő hitelkártyát is használt, továbbá a második ciklusa alatt a lap szerint összesen másfél millió zlotyi (kb 118 millió forint) jutalmat osztott ki magának a lengyel válogatott sikeres szerepelésére hivatkozva.
„Olyan korban élünk, amikor folyamatosan hazugságokat kell cáfolni, úgyhogy, íme: soha nem használtam a szövetségnek semmilyen bankkártyáját, ahogy jutalmat sem vettem fel a válogatott szereplése után. Úgy néz ki, ma felettébb divatos a hülyeségek írogatása…” – cáfolta a lap által írottakat Boniek saját Twitter-csatornáján.