Gago a Boca Juniorsban nevelkedve lett profi játékos, 2007-ben húszévesen a Real Madrid szerződtette, amelynek színeiben összesen 121 tétmérkőzésen lépett pályára és két bajnoki címet nyert. A védekező középpályás később futballozott az AS Romában és a Valenciában, majd 2013-ban hazatért. A Vélez Sarsfieldnél kölcsönben szerepelt, majd ismét a Boca Juniorst erősítette, 2019 óta újra a Vélezben futballozott.
Az argentin játékos 2005-ben U20-as világbajnoki címet nyert a korosztályos válogatottal, 2008-ban tagja volt az olimpiai bajnok nemzeti együttesnek. A felnőttek között 2007-ben mutatkozott be a válogatottban, s összesen 61 mérkőzésen játszott. Gago ezüstérmes lett a 2014-es vb-n, illetve a 2007-es és 2015-ös Copa Américán.
Gago nem úszta meg a súlyos sérüléseket: mindkét térdében egyszer-egyszer elszakadt a szalag, a bal Achillese kétszer, a jobb egyszer szakadt el. Legutóbb idén januárban szenvedett keresztszalag-szakadást, s október végén, a Vadócz Krisztiánék (Penarol) elleni Copa Sudamericana-mérkőzésen tért vissza. Gago három találkozón játszott az ősszel, majd bejelentette visszavonulását.
„Tizenöt év után nyugodt szívvel hoztam meg a döntésemet – kezdte mondandóját Fernando Gago. – Mint tudjátok, fantasztikus élményekben volt részem a pályafutásom során. Gyermekként sem álmodtam ennél szebb pillanatokról. Sajnos nehéz időszakaim is voltak a sérülések miatt, ám ezeknek is köszönhetően lettem az, aki vagyok. Jelenleg nincsenek fájdalmaim, elértem minden célomat, így saját akaratomból vonulok vissza.”
Gago köszönetet mondott edzőinek, orvosainak és csapattársainak.