A chilei útlevéllel is rendelkező argentin játékos profi karrierjét a Sarmiento de Junínban kezdte, innen igazolt át 1997 nyarán a Diego Maradonát is soraiban tudó Boca Juniorshoz.
Az argentin válogatottal 1986-ban világbajnoki címet szerző klasszis 1997 októberében vonult vissza, így Munoz – aki akkor 20 esztendős volt – csupán néhány hónapig osztozhatott egy öltözőn az FC Barcelona és a Napoli korábbi kiválóságával.
Munoz két argentin élvonalbeli bajnoki címet és két Libertadores-kupát nyert a Boca Juniorsszal, továbbá háromszoros chilei bajnoknak mondhatja magát. Az argentin U20-as válogatottal 1997-ben Dél-amerikai Bajnokságot és világbajnokságot nyert.