Benaglio három világbajnokságon volt tagja a svájci együttesnek, 2010-ben és idén pedig első számú kapusa volt a gárdának. Pályafutása során 61 alkalommal öltötte magára a címeres mezt, utoljára a nyári vb nyolcaddöntőjében, amelyen csapata hosszabbításban 1–0-ra kikapott a későbbi ezüstérmes Argentínától.
Utódja a svájciak kapujában minden bizonnyal a Borussia Mönchengladbach játékosa, Yann Sommer lesz a 2016-os Európa-bajnoki kvalifikációs sorozatban.