Az 1997-ben visszavonult védő a Real Madrid utánpótlásánál kezdte edzői pályafutását 2001-ben, majd irányította a Getafét, a Valenciát, a Benficát, valamint az Atlético Madridot is.
A 48 esztendős szakember 2011-ben az al-Ahli kispadjára ülhetett le, és a dubai csapatnál töltött két éve alatt egyszer bajnoki címet is ünnepelhetett.
Az al-Ain hivatalos honlapjának tájékoztatása szerint Quique Sánchez Flores kétéves szerződést írt alá a szaúdi élvonal címvédőjével.