Jancker az 1995–1996-os szezonban a Rapid Wien játékosa volt, osztrák bajnok lett az együttessel, majd a bécsi klubtól igazolt a Bayern Münchenhez, amelynél sikeres éveket töltött el. A korábbi csatár Bajnokok Ligáját nyert a bajor klubbal, illetve négy német bajnoki címet és két Német Kupát.
A Rapid Wien 29 forduló után harmadik a tabellán, hátránya húsz pont városi riválisa, az éllovas Austria Wien mögött.