Magnus Jöndal első profi klubja a Follo volt, ahol 2006 és 2014 között játszott, majd az Arendalba igazolt. Innen váltott 2016-ban a dán GOG-ba, két év elteltével pedig a Flensburgba.
A balszélső 2009-ben mutatkozott be a norvég válogatottban, ahol azóta 136 mérkőzésen lépett pályára. A nemzeti csapattal 2017-ben és 2019-ben vb-ezüstérmet, 2020-ban Eb-bronzérmet szerzett.
Jöndal a jövőre halasztott tokiói nyári olimpiai játékokat követően fejezi be játékos-pályafutását.