A 2004. február 14-én Riminiben 34 évesen elhunyt 1998-as Tour de France-győztes váratlan halálát sok kérdőjel lebegte körül: az akkori hivatalos álláspont szerint antidepresszánsok és kábítószer túladagolása vezetett a végzetes agyi és tüdőödémához, azaz – vétlenül vagy tudatosan – Pantani öngyilkos lett. Ugyanakkor a korabeli hírek, pletykák sok más verziót is megfogalmaztak: voltak, akik szerint a kerékpáros belekeveredett a kábítószer-kereskedelembe, mások szerint halálának a doppinghoz volt köze, illetve ahhoz, hogy többször nyíltan beszélt a sportágban uralkodó anomáliákról.
A rimini ügyészség a Gazzetta szerint most újra elővette az ügyet, ám a mostani kiindulási hipotézis szerint Pantanit megölték. A vád szerint Pantanit megverték, majd már a szállodai szobájában arra kényszerítették, hogy kokaint igyon. Az ügy újbóli napirendre kerülésének indoka pedig az lehet, hogy a korábbi vizsgálati eredmények állítólag alátámasztják a vízzel hígított kokain verzióját.
A milánói lap beszámolója szerint Pantani szülei sosem hittek abban, hogy fiuk öngyilkos lett, Tonina Belletti, a kopasz kerekes édesanyja többször is tett olyan nyilatkozatot korábban, amelyben kizárta az öngyilkosság lehetőségét. „Marco halálát még mindig sok kétség lengi körbe, ezért továbbra is szeretném, ha tisztáznák végre” – idézi Tonina Belletti korábbi nyilatkozatát a Gazzetta.