Krsztajics a 2017-es vb-selejtezők befejezése után ült le a szerb válogatott kispadjára, a kvalifikációs sorozatban ő volt Szlavoljub Muszlin szövetségi kapitány segédedzője.
A 2018-as világbajnokságon Szerbiának nem sikerült teljesítenie a kitűzött célt, ami a csoportból való továbbjutás volt. A kiesés után a szerb válogatotton belül megromlott a hangulat, Krsztajics több játékossal is összeveszett, köztük Luka Milivojeviccsel és Matija Nasztasziccsal, akik közölték, addig nem szerepelnek a válogatottban, amíg Krsztajics a szövetségi kapitány.
A 2020-as Európa-bajnokság selejtezőjében Szerbia a múlt héten 5–0-ra kikapott Ukrajnától, ami az önálló Szerbia történetének legsúlyosabb veresége volt. Hiába nyert a válogatott három nappal később 4–1-re Litvánia ellen, Krsztajics sorsa már az ukránok elleni vereség után megpecsételődött.
Hogy ki lesz az utód, egyelőre nem tudni: a lehetséges jelöltekkel a szerb szövetség vezetői a napokban ülnek le tárgyalni, s július 10-ig biztosan kinevezik az új szövetségi kapitányt.
A szerb sajtó értesülései szerint a posztra Ljubisa Tumbakovics a legesélyesebb, aki nemrég még a montenegrói labdarúgó-válogatott szövetségi kapitánya volt, azonban elutasította, hogy a szerinte önálló államként nem létező Koszovó elleni Eb-selejtezőn leüljön a kispadra. A montenegrói szövetség még aznap – szerződésszegés miatt – menesztette a szakembert. Rajta kívül Dragan Sztojkovics és Ivan Jovanovics került szóba mint lehetséges szövetségi kapitány.