Szinte hihetetlen, de 1944-ig egyik jelentős profi ligában sem volt csapata San Franciscónak. Ezen próbált változtatni Tony Morabito, aki 1944. június 4-én megalapította a város futballcsapatát. Többször próbálkozott az NFL vezetőinél, mégis rendszeresen visszautasították nevezési szándékát, bezzeg az első idényét 1946-ban lebonyolító All-America Football Conference (AAFC) tárt karokkal fogadta, így Morabito és három tulajdonostársa elérkezettnek látta az időt, hogy nevet válasszon a csapatnak. Így lettek San Francisco 49ers, tisztelegve az 1849-es aranyláz idején Kaliforniába érkező szerencsevadászok, a „negyvenkilencesek” bátorsága előtt…Szinte hihetetlen, de 1944-ig egyik jelentős profi ligában sem volt csapata San Franciscónak. Ezen próbált változtatni Tony Morabito, aki 1944. június 4-én megalapította a város futballcsapatát. Többször próbálkozott az NFL vezetőinél, mégis rendszeresen visszautasították nevezési szándékát, bezzeg az első idényét 1946-ban lebonyolító All-America Football Conference (AAFC) tárt karokkal fogadta, így Morabito és három tulajdonostársa elérkezettnek látta az időt, hogy nevet válasszon a csapatnak. Így lettek San Francisco 49ers, tisztelegve az 1849-es aranyláz idején Kaliforniába érkező szerencsevadászok, a „negyvenkilencesek” bátorsága előtt…
A San Francisco 49ers a négy szezont megért AAFC meghatározó gárdája volt, 39-15-2-es mérlegük a Cleveland Browns mögött a második legjobb volt. Ennek a teljesítménynek köszönhetően az AAFC 1950-es megszűnésekor csatlakozhattak az NFL mezőnyéhez. Az ’50-es évek korai szakaszában olyan klasszisok játszottak a csapatban, mint Y.A. Tittle, Joe Perry vagy Leo Nomellini, de a rájátszás csak nem akart összejönni. Aztán 1957-ben – holtversenyben a Detroit Lions csapatával – megnyerték a Nyugati Főcsoportot, így rájátszás meccs döntött arról, hogy ki legyen az NFL döntőben a Browns ellenfele. A franchise történetének első playoff szereplését már nem élhette meg az alapító, mivel október 27-én, a Chicago Bears elleni hazai mérkőzés második negyedének végén összeesett és meghalt. A játékosok a szünetben értesültek a tragédiáról, de könnyeikkel küszködve mégis bravúros győzelmet arattak. A Lions elleni meccsen már 27-7-re is vezettek az Aranyásók, de az Oroszlánok az utolsó negyedben 24 pontot termeltek és ezzel elütötték őket az első finálétól.
Legközelebb csak tizenhárom év múlva léphettek pályára a rájátszásban, de egy újítással mégis felhívták a figyelmet magukra. 1960. november 27-én a címvédő Baltimore Colts otthonában Red Hickey vezetőedző bevetette az ún. „shotgun” formációt és ezzel egy ma is használt fegyvert adott a támadók kezébe. 1968-ban a Tom Landry vezette Dallas Cowboys védőkoordinátorát, Dick Nolant nevezték ki vezetőedzőnek, akinek két évre rá érett be a munkája, ugyanis először lettek csoportelsők és csak a főcsoport döntőben kaptak ki a Cowboys-tól. Az ezt követő két évben ugyanúgy „behúzták” a csoportjukat és a Dallas ugyanúgy megálljt parancsolt nekik a rájátszásban. Ezután negatív mérlegű szezonok következtek, mígnem 1977-ben új tulajdonos Edward J. DeBartolo, Jr. vette át a klubot, aki a fejébe vette, hogy az NFL csúcsára vezeti a csapatot. A szavakat aztán tettek követték 1979-ben.
Miután 2-14-es mutatóval zárt 1978-ban a franchise, DeBartolo edzőváltásra szánta el magát és Bill Walsh foglalta el a csapat kispadját 1979 tavaszán. Bill Walsh, aki 1968-tól hét éven keresztül Paul Brown mellett pallérozódott a Cincinnati Bengals edzői stábjában, majd egy idényt lehúzott a San Diego Chargers támadó koordinátoraként. Ezután két év egyetemi edzősködés következett a Stanford University-n, majd megérkezett a kinevezés Friscóba. Az 1979-es újoncbörzén a 49ers elsőként választhatott volna a pocsék szereplése miatt, de az egy évvel korábbi O.J. Simpson-trade miatt ez a jog a Buffalo Bills-hez került. A második körben James Owens személyében futót húztak, majd a harmadik körben Walsh „rátalált” a jövő sikereinek zálogára, Joe Montana irányítóra. Szerencséje is volt, mert a korábbi „mumus” Cowboys a harmadik kör közepén megváltoztatta a stratégiáját, mivel addig az volt tervük, hogy minden körben a még elérhető legjobb játékost (BPA = Best Player Available) választják, függetlenül annak posztjától. Aztán mégis az összekötő Doug Cosbiet húzták, pedig a még a kalapban volt a tehetséges Montana… A 49ers pedig köszönte szépen és a 82. helyen draftolta a Notre Dame-ról érkező irányítót, aki gyenge karja miatt csúszott idáig..
Walsh már a kinevezésekor kijelentette, hogy a futójátékkal szemben a passzjátékot erőlteti majd. A ’70-es években San Diegóban alkalmazott ún. „West Coast Offense” volt a favoritja, viszont a rövid és pontos passzokat erőltette a hosszú átadások helyett. Az első évben produkált 2-14-es Walsh-mérleg, és az újonc Montana (Steve DeBerg mögötti csereként) 23 passzkísérlete igencsak halovány volt. Az 1980-as draft gyengére sikeredett, de Keena Turner személyében egy későbbi négyszeres bajnok linebacker került a csapathoz. A szezon előtti edzőtáborban DeBerg és Montana hasonló teljesítményt nyújtott, így felváltva játszottak az alapszakaszban, egészen a 14. játékhétig, amikor eldőlt a két irányító sorsa. A 0-13-as mutatóval álló New Orleans Saints érkezett a Candlestick Parkba és nagy meglepetésre a szünetben 35-7-es előnyre tett szert. Ekkor a csapat élére állt Montana és két passzolt, illetve egy futott hatpontosának köszönhetően kiegyenlített, majd a hosszabbításban 38-35-ös sikert aratott a San Francisco 49ers, az NFL történelmének addigi legnagyobb fordítását produkálva. A szezont 6-10-es mérleggel zárta a csapat, de meglelte a jövő sikerének zálogát. Joe Montana és a támadók biztatóan muzsikáltak, ezért az 1981-es börzén a védelem megerősítése élvezett prioritást. Az első körben a későbbi Hall of Famer Ronnie Lottra esett a választásuk, majd őt követte további hat védőjátékos. A draft után leigazolták a veterán linebacker Jack Reynolds-ot és a „sack-gyáros” védőfal játékos Fred Deant. Volt tehát okuk a bizakodásra...
Az egy győzelem-két vereség szezonnyitó után már csak egy alkalommal kaptak ki a 1981-es alapszakaszban, így 13-3-as mutatóval zártak a csoport első helyén. A Walsh-éra első rájátszás meccsén sima győzelmet arattak a New York Giants felett (38-24), következett az NFC döntő, a régi ismerős Dallas Cowboys ellen. A fináléban felváltva szereztek pontot a vetélytársak, hatszor változott a vezető csapat kiléte, mígnem 27-21-es hátrányban Montana megindította az utolsó támadást. Ötvennyolc másodperccel a vége előtt a Cowboys 11 yardos vonaláról egy játékkal 5 yardot haladtak az endzone felé. Ekkor Montana kikérte a csapat harmadik idejét, majd a center feladta neki a labdát, amivel a pálya jobb széle felé menekült az irányító és mielőtt a három rárontó védő „bezsákolta” volna, elengedte a labdát… Kissé magasnak tűnt a passz, de Dwight Clark lehúzta, majd mindkét lába földet ért a végzónában. Egy emberként robbant fel a Candlestick Park az egyenlítést ünnepelve. A TD utáni extrapont pedig a győzelmet és a franchise történetének első Super Bowl részvételét eredményezte. Clark elkapása nemes egyszerűséggel „The Catch” néven vonult be a történelembe és sokan a franchise későbbi sikereinek kulcsmomentumaként tekintenek rá. A XVI. Super Bowlon Montana futott és passzolt TD-jével, valamint két mezőnygóllal a szünetben már 20-0-ra vezetett a 49ers, de a Bengals nem adta fel. Két touchdownnal 20-14-re zárkóztak fel, viszont a zárónegyedben esett újabb két mezőnygól bebiztosította győzelmét a 49ers. A végeredmény 26-21, a döntő MVP-je pedig Joe Montana lett.
A következő drafttól bajnokként túl sokat nem remélhettek és O.J. Simpsont még ekkor is nyögték, ezért az első körös választásukat több hátsó körös pickért elcserélték a New England Patriots-cal. A második körben William „Bubba” Paris személyében támadófal embert választottak, aki aztán kilenc évig gondoskodott Montana védelméről. A hátsó körökben nem találtak igazán meghatározó játékost, így gyenge börzét zárt a csapat. A szezon még rosszabbra sikeredett. Az Oakland Raiders és a liga pereskedésében a bíróság az Oaklandnek adott igazat, így a játékosok joggal remélték, hogy az egyre sikeresebb liga jövedelméből nekik is több jut, ha megpróbálnak érvényt szerezni akaratuknak. Szeptember 20-án éjfélkor sztrájkba lépett a játékos-szakszervezet és a bevételek 55%-át követelték maguknak. Két hónapnyi tárgyalás után megszületett az új Kollektív Szerződés és november 21-én folytatódott a szezon. A 9 mérkőzéses csonka alapszakasz miatt eltörölték a csoportokat és a főcsoportok első nyolc helyezettje jutott a rájátszásba. Éppen ezért volt óriási csalódás Friscóban, hogy Montana 17 TD passza ellenére csak 3-6-os mérleggel végeztek és nem jutottak tovább.
A csalódást egy jó újoncbörzével próbálták feledtetni, de első körös pick hiányában (Fred Dean-trade) nem volt könnyű dolguk, mégis remekül sáfárkodtak. Két későbbi háromszoros bajnokot (Roger Craig, Tom Holmoe) és egy négyszeres bajnokot (Jesse Sapolu) húztak ki. A csoportot 10-6-os mérleggel húzták be, majd az NFC elődöntőben hazai pályán fogadták a Lions csapatát és nagyon megszenvedtek. 23-17-es vendég előnynél Montana hat sikeres passzos drive-ot vezetett, és Freddie Solomon TD-elkapásával átvették a vezetést, de az Oroszlánok nem adták fel. Öt másodperccel a vége előtt 43 yardos mezőnygólhoz készültek, azonban Eddie Murray hibázott, így az Aranyásók készülhettek a konferencia-döntőre. A fináléban úgy tűnt, hogy nem képesek felnőni a címvédő Washington Redskins-hez, aztán az utolsó negyed elején 3 TD passzt osztott ki hét és fél perc alatt Montana, így 0-21-ről sikerült kiegyenlíteniük. Az utolsó szó mégis a Rézbőrűeké lett, akik Mark Moseley 25 yardos mezőnygóljával 24-21-re győztek, elütve ellenfelüket a második Super Bowl részvételtől.
1984-ben újabb három, majdani háromszoros bajnokért adtak draftcetlit, a szezon pedig minden képzeletet felülmúlt. Az alapszakaszt 475 szerzett ponttal zárták, de ezzel „csak” másodikak lettek az AFC-t domináló Miami Dolphins mögött. 15-1-es mérleggel zárt a csapat és ebben óriási szerepe volt a mindössze 227 pontot engedélyező védelemnek. A playoffot aztán ott folytatták, ahol az alapszakaszt abbahagyták, elsőre 21-10 a Giants ellen, majd erőfitogtatás a főcsoportdöntőben a Bears ellen (23-0). Amerika pedig megkapta, amire annyira vágyott: két sztárirányító csatázott egymással a nagydöntőben. És bár Dan Marino elképesztő számokat produkált az idényben, a döntő mégis Joe Montanáról és a 49ers-ről szólt. Az első negyed végén még 10-7-re vezetett a Dolphins, a második negyedben azonban Montana passzolt és futott is egy-egy TD-t, Roger Craig ugyanúgy futott egyet, ezzel 28-10-re módosították az állást. A defense 25 yardon tartotta a Miami futójátékát, Marinót két labdaeladásba is belehajszolta, végül a vártnál könnyebben, 38-16-os győzelemmel ünnepelte ’Niners történetének második bajnoki címét.
A ’85-ös újoncbörze előtt a top elkapó prospectek közt emlegettek egy bizonyos Jerry Rice-t. A négy egyetemi éve alatt 50 TD elkapást jegyző tehetség a Cowboys és a 49ers figyelmét is felkeltette, a kedvezőbb draftpozíció miatt előnyben voltak a texasiak. A 17. helyen választó Dallas már dörzsölte a tenyerét, amikor a kettővel előttük lévő Kansas City Chiefs nem vitte el a kiszemeltjüket. Bill Walsh ekkor cselhez folyamodott. A 16. helyen lévő Patriots cetlijét elkérte cserébe több hátsó körös cetliért „lecsapott” Rice-ra, ezzel borsot törve a rivális Cowboys orra alá. Nem szükséges mára ecsetelni, hogy ez mekkora húzás volt a 49ers részéről. A szezont 10-6-os mérleggel zárták, másodikként végezve a csoportban. A címvédő az NFC Wild Card-körében kezdte a rájátszást, de a Lawrence Taylor vezette Giants védelem „lenullázta” őket, 17-3-as vereséget szenvedtek a kaliforniaiak. Öröm az ürömben, hogy a liga Jerry Rice-t választotta az Év Újoncának a főcsoportban.
A franchise-hoz közel állók és a szakértők is egyöntetűen állítják, hogy a következő év draftja volt a csapat történelmének legjobb egyetemi játékos kiválasztója. Egy Cowboys-Bills-49ers trade okán elvesztették az első körös cetlijüket, de a következő három körben összesen hét választásuk volt cserébe. Sorrendben Larry Roberts, Tom Rathman, Tim McKyer, John Taylor, Charles Haley, Steve Wallace és Kevin Fagan lett a 49ers játékosa. Ők heten mindannyian minimum 5 évet töltöttek el Friscóban és együtt 17 bajnoki címet szereztek a csapattal. A szezon „tragédiával” kezdődött: A Kickoff Game-en Montana olyan súlyos hátsérülést szenvedett, hogy azonnal meg kellett műteni és az orvosok azt javasolták, hogy hagyjon fel az élsporttal. Jeff Kemp lett a kezdő irányító és 4-3-1-es mérleget hozott össze, mielőtt Montana újra játékra jelentkezett. A 10. héten tért vissza 3 TD átadással. Ez után felváltva nyert vagy veszített a gárda, így az utolsó héten győzelmi kényszerrel fogadta a L.A. Rams-et. Az irányító vezetésével 24-14-es győzelmet arattak és újra csoportgyőztesként lettek playoff résztvevők. Ott azonban méretes zakót adott rájuk a kőkemény Giants, a 49-3-as vereség a mai napig a legnagyobb arányú kudarc a csapat rájátszás históriájában. Ami azonban a vereségnél is nagyobb aggodalomra adott okot, az Montana újabb sérülése volt. A liga némi vigasz gyanánt az Év Visszatérője díjat adományozta a legendává válás útján járó irányítónak.
Az 1987-es év holtidényében az egyre gyakrabban megsérülő Montana mögé/mellé megbízható backup irányítót keresett a csapat és Steve Young személyében meg is találta azt. A szezon rövidebbre sikerült a tervezettnél, a játékosok újfent sztrájkba léptek, de a tulajdonosok ezúttal ellenálltak és a sztrájkolók helyett sztrájktörő tartalékokkal álltak ki a mérkőzésekre. A szakszervezet látván, hogy nem járhat sikerrel, bedobta a törölközőt és a bajnokság visszatért a régi kerékvágásba. Az alapszakaszt 13-2-es mutatóval zárták, megnyerték csoportjukat és készülhettek az NFC elődöntőre a Minnesota Vikings ellen. Rice 22 elkapott TD-vel zárt, ami akkor NFL-rekord, a 49ers pedig 11 pontos favorit volt, de a lesajnált Vikingek nem feltartott kézzel mentek fel a pályára és óriási meglepetésre 36-24-es győzelmet arattak. Ezzel zsinórban harmadszor estek ki a rájátszásból az első ellenféllel szemben.
A következő szezon elején Montana újra megsérült. A Saints elleni nyitómeccsen a könyökét fájlalva hagyta el a pályát. Az egész idény nyögvenyelősre sikeredett, 6-5-ös mutatóval fordultak az alapszakasz hajrájára, végül 10-6-os mutatóval nyerték meg csoportjukat, az ugyanúgy 10-6-os mérlegű Saints és Rams előtt, köszönhetően jobb csoporton belüli eredményüknek. Montana és Rice egyaránt haloványabb volt az elmúlt évhez képest, ezért Young hétről-hétre több szerepet kapott és egyre többször erősödtek fel a hangok, amelyek Montana elcserélését óhajtották. Az NFC elődöntőben hazai pályán álltak bosszút a Vikingeken, Montana 3 TD passzt adott, mindhármat Rice-nak, míg Craig két hatpontost futott, így nagyon sima, 34-9-es győzelmet aratott a gárda. Az NFC döntőt Chicagóban játszották a Bears ellen -8 fokos hidegben és 28-3-as győzelmet arattak. Montana ismét 3 TD passzt adott, a védelem pedig szinte „lenullázta” a Macikat. Teljesítményével Montana elhallgattatta a kétkedőket és készülhettek a franchise harmadik Super Bowl fellépésére.
A döntőben az a Cincinnati Bengals volt az ellenfél, amelynek edzője Sam Wyche játékosa és segítője is volt Walshnak. A félidőben 3-3 volt az eredményjelzőn, a záró játékrész előtt 13-6-os hátrányban voltak az Aranyásók. A negyed elején Rice-nak TD elkapásával egyenlítettek, ezután felváltva puntoltak, majd 3 perc 20 másodperccel a vége előtt egy mezőnygóllal újra a Cincy vette át a vezetést. Montana a saját 8 yardos vonaláról indította az utolsó támadást és a Super Bowl-történelem talán leglátványosabb drive-ját vezette. A támadóegység tagjai falfehéren álltak fel a line of scrimmage-re, az irányító higgadtsága azonban mindenkit megnyugtatott. A következő tizenegy játék pedig – a sokak szerint már öreg és sérülékeny – Joe Montana jutalomjátéka volt: harmincnégy másodperccel a vége előtt 10 yardos TD passzt adott John Taylornak, megnyerve ezzel saját és csapata harmadik gyűrűjét, egyben rászolgálva a „Joe Cool” becenévre. A döntő MVP-je a Super Bowl rekordot jelentő, 215 yardot elkapó Jerry Rice lett.
Bill Walsh a harmadik bajnoki cím után felállt a kispadról és az addigi védőkoordinátort, George Seifertet nevezte meg utódául, amit jóváhagyott a vezetősége, így Seifertnek jutott az a kiváltság, hogy a liga legkiválóbban működő gépezetét felkészítse a következő szezonra. Montana rájátszásos teljesítménye bizonyította, hogy még mindig lehet rá számítani és természetesen a 89-ben végig ő volt a csapat kezdő irányítója. Huszonhat TD átadással és az akkori legmagasabb passer ratinggel (112,4) zárta az alapszakaszt és kiérdemelte az MVP címet. Ebben a kimagasló produkcióban nagy segítséget nyújtott neki Rice, aki 1.483 yarddal és 17 TD-vel zárt. A 14-2-es mutató pedig azt jelentette, hogy a rájátszásban végig élvezik a hazai pálya előnyét. Az első körben 41-13-as verést mértek a Minnesotára, majd a konferencia-döntőben 30-3-as zakót szabtak a Los Angeles Rams-re. Montana 6 TD átadást „kézbesített” a két meccsen, hogy aztán a Super Bowlon olyat alkosson, mint még soha senki más. A New Orleans-i Superdome-ban a John Elway vezette Denver Broncos próbált a címvédő és a Lombardi-trófea közé állni, de a nagydöntők történetének legnagyobb verését kapták. Rögtön az első drive végén Rice kapta el Montana átadását a célterületen belül, melyet még négy hatpontos átadás követett a legendás 16-ostól. Ennek is köszönhetően 55-10-es győzelmet aratott a 49ers, Montana pedig harmadik MVP címével térhetett haza.
A három rájátszás mérkőzést 100 pontos különbséggel nyerték (NFL-rekord), Joe Montana három meccses 11 TD átadása (NFL-rekord, Joe Flaccóval holtversenyben): kijelenthetjük, hogy ezzel a gálával végérvényesen kiérdemelte a ’80-as évek dinasztiája elismerést a San Francisco 49ers.
A nyolcvanas években 104 alapszakasz győzelmet szerzett, 13-4-es rájátszás mérleget és 4 bajnoki címet tudhat magáénak az Aranyásók csapata. Új szemléletet vittek a támadófociba és maguknak tudhatják minden idők legjobb irányítóját, Joe Montanát, valamint legjobb elkapóját, Jerry Rice-ot. Joe Montana a nagydöntőkön bemutatott 11-0-ás TD-INT mutatójával és 127,4-es passer ratingjével senki sem veheti fel a versenyt, míg Jerry Rice 589 elkapott yardja és 8 TD-je szintén egy nehezen megdönthető Super Bowl-rekordnak számít a mai napig. Joe Montana, Jerry Rice, Ronnie Lott, Fred Dean, Steve Young és az edző Bill Walsh egyaránt tagja a Halhatatlanok Csarnokának és van még pár „srác”, aki joggal pályázik a beiktatásra. Végezetül pedig álljanak itt Randy Cross támadófal játékos szavai, aki tizenhárom évig erősítette a San Francisco 49ers-t és az 1988-as szezon után távozott Bill Walsh edzővel együtt. „Ha a dobóerőt, a lábmunkát vagy a testfelépítést nézzük, biztosan voltak és lesznek is nála jobb irányítók az NFL-ben, de, ha meg kell nyerned egy mérkőzést, legfőképpen egy Super Bowlt, egyetlen ember jöhet szóba: Joe Montana.” Talán ez lehetett a nagy titka ’80-as évek dinasztiájának..!?