Zabaleta kilenc szezon után köszönt el a manchesteriektől, új csapatával két évre szóló szerződést írt alá. Az 58-szoros argentin válogatott hátvéd 2008-ban szerződött az Espanyoltól a Manchester Cityhez, amelynél azóta a közönség egyik kedvencévé vált. Ő volt a klub történetének utolsó olyan igazolása, akit a mostani arab tulajdonos, a dúsgazdag Manszur sejk hatalomátvétele előtt szerződtettek.
A Cityben 332 tétmeccsen lépett pályára, a szerződése azonban június 30-án lejár, és a klub által kiadott közlemény szerint maga a játékos jelezte, hogy nem kívánja meghosszabbítani a szerződést.