A belső védő a Bröndbyben kezdte a pályafutását, majd 2006 januárjában a Liverpoolhoz szerződött. Az angol csapat színeiben minden sorozatot figyelembe véve 232 mérkőzésen lépett pályára, és 14 gólt szerzett. A dán válogatottban 75 fellépésén 12 találatot jegyzett.
A „vörösöknél” eltöltött nyolc és fél évet követően visszatért nevelőegyesületéhez, a Bröndbyhez, amelyben a legutóbbi két szezonban 43 bajnoki meccsen kapott lehetőséget.
„Szomorú vagyok, de jó döntést hoztam azzal, hogy befejezem. Büszke vagyok a pályafutásomra” – írta Agger a Twitteren.