A 62 éves szakember idénybeli harmadik edzőként vállalta el a Sevilla vezetését március 21-én, s csupán a szezon végéig írt alá az akkorra – óriási meglepetésre – kiesőjelöltté váló klubnál. Mendilibar végül nem csupán sikeresen bent tartotta a Sevillát, de az Európa-ligában a Manchester Unitedet és a Juventust kiejtve a döntőig menetelt, s ha már ott volt, az AS Roma elleni fináléban a trófeát is bezsebelte a Puskás Arénában.
A baszk szakember ebben az idényben 17 tétmeccsen irányította a Sevillát, s ezeken a mérkőzéseken kilenc győzelmet, öt döntetlent és három vereséget könyvelhetett el. Mendilibar szerződése a következő idény végéig szól az andalúz klubnál.