Krkic egyetlen válogatott mérkőzése ugyanis tétmeccs volt: 2008 szeptemberében az örmények elleni vb-selejtező 65. percében csereként lépett pályára Santi Cazorla helyett. Márpedig a jelenleg érvényben lévő szabályok értelmében ez kizárja annak a lehetőségét, hogy valaki más nemzet válogatottjában is pályára lépjen.
A 26 éves támadó tíz éve még egészen máshogy állt a kérdéshez. Akkor a szerbek udvaroltak neki intenzíven, ő azonban korosztályos spanyol válogatottként elutasította őket. A Stoke City légiósának édesapja, idősebb Bojan Krkics szintén labdarúgó volt, pályafutása végén Spanyolországban vezetett le, ott ismerkedett meg Maria Lluisa Pérezzel. Fiuk már Spanyolországban született.
Ifjabb Bojan Krkic pályafutása ígéretesen indult: két korosztályos Eb-t nyert a spanyolokkal, míg a Barcában minden idők legfiatalabb futballistájaként mutatkozott be a felnőttek között, megdöntve Lionel Messi rekordját. Luis Aragonés 18 évesen majdnem beválogatta őt a 2008-as Eb-keretbe. Ám hiába játszott több mint száz meccset a katalánoknál, az áttörés váratott magára. Ezért indult vándorútra, de a Románál, a Milannál és az Ajaxnál sem váltotta meg a világot – most a Stoke Cityben legalább alapembernek számít. A támadó az utóbbi években a spanyol válogatott keret közelébe sem került.
