A spanyol szakember a 2003–2004-es idényben már tevékenykedett a Málaga vezetőedzőjeként, a csapat akkor a tizedik helyen fejezte be a bajnokságot. Azóta öt klubnál dolgozott, legutóbb az ukrán Dniprónál, ahonnan 2014 májusában távozott.
A Sevillával 2005 és 2007 között két UEFA-kupát, valamint egy-egy európai Szuperkupát, Király-kupát és spanyol Szuperkupát nyerő szakember korábban a Tottenham és a CSZKA Moszkva kispadján is ült, míg a 2008–2009-es idényben a Real Madridot irányította.
Juande Ramos 2019-ig szóló szerződést kötött a Málagával. Elődje, Javi Gracia két év után távozott az andalúziai klubtól, és valószínűleg a Rubin Kazanynál folytatja a munkát.