A PSG-hez távozott brazil Thiago Silva pótlására kiszemelt Zapata tavaly nyáron egy évre kölcsönbe került a spanyol élvonaltól búcsúzó Villarrealtól az AC Milanhoz. A kolumbiai védő meggyőző teljesítményt nyújtott az olasz klubban, melynek színeiben 23 bajnokin, öt BL-meccsen és egy Olasz Kupa-találkozón lépett pályára. A milánóiak elégedettek voltak vele, amit jelez, hogy végleg megszerezték spanyol klubjától és 2016-ig szóló szerződést kötöttek vele.
A Milan a napokban már bejelentette, hogy a védő Daniele Bonra kontraktusát 2015-ig, a kapus, Christian Abbiati megállapodását pedig 2014-ig meghosszabbították.