A 63 éves svájci szakember 2018 nyarán vette át a Borussia Dortmund irányítását, és 110 mérkőzésen keresztül volt a sárga-feketék vezetőedzője. Lucien Favre dortmundi karrierje álomszerűen indult, gyorsan megtalálta az összhangot a csapattal, a 2018–2019-es idény felénél a Dortmund vezette a Bundesligát. Hosszú távon azonban nem sikerült felvennie a versenyt a rivális Bayern Münchennel, és csupán egy Német Szuperkupát sikerült nyernie a BVB-nek az irányítása alatt.
A Dortmund ebben az idényben ugyan a Bajnokok Ligájában csoportelsőként jutott tovább a legjobb 16 közé, a bajnokságban adós maradt a győzelmekkel: 11 meccsen hat győzelem, egy döntetlen, négy vereség a mérlege a BVB-nek, ami közel sem az a teljesítmény, amit az idény kezdetekor megkövetelt a vezetőség. Az utolsó csepp a pohárban a szombati, Stuttgart elleni 5–1-es, hazai pályán elszenvedett vereség volt.
Lucien Favre helyét segédje, a 38 éves Edin Terzic veszi át a klub tájékoztatása szerint az idény végéig. Terzic korábban a Dortmund utánpótlásában tevékenykedett, de dolgozott a Besiktasnál és a West Hamnél is segédedzőként.