Klubja szerdán jelentette be, hogy a játékos kisebb orvosi beavatkozáson esett át Münchenben. Felépülése várhatóan három hónapot vesz igénybe, így szeptemberben már pályára léphet az augusztus 22-én rajtoló Bundesligában.
A 23 éves Gündogan hátsérülése miatt legutóbb tavaly augusztusban lépett pályára a bajnoki ezüstérmes együttesben, és a brazíliai világbajnokságon szereplő német válogatott keretébe sem került be. Hosszú kihagyása ellenére áprilisban a Borussia egy évvel, 2016-ig meghosszabbította a középpályás szerződését.