Skrtel 2004-ben Trencsényből szerződött Szentpétervárra, a Zenittel 2007-ben orosz bajnok lett. 2008-tól kilenc idényen át a Liverpool játékosa volt, az angol klubban 319 tétmérkőzésen lépett pályára, legnagyobb sikere egy Ligakupa-győzelem 2012-ben.
A Pool után a Fenerbahcéban, az Atalantában és az Istanbulban játszott, 36 évesen a Spartak Trnavát segíti.