A 39 éves kapus az NB I-ben a Kaposvári Rákócziban mutatkozott be, de pályafutása nagy részét Újpesten töltötte, 11 éven át védett a lila-fehéreknél.
Balajcza Szabolcs tavaly nyáron távozott Újpestről és az NB II-es Siófokhoz szerződött, a 2017–2018-as idényben 36 másodosztályú bajnokin védte a Balaton-partiak kapuját. A másodosztályú klub azonban a szezon befejezése után közös megegyezéssel szerződést bontott Balajczával.
A rutinos játékos a közelmúltban csapatot talált magának, a Somogy megyei I. osztályú bajnokságban szereplő Hetes Vikár SC-ben folytatja karrierjét. Balajcza már be is mutatkozott új klubjában, a Kadarkút elleni, 2–0-ra megnyert Magyar Kupa-selejtezőn védett.