A 75 éves ortopédus csaknem negyven évig (1977–2015) szolgálta a Bayern Münchent, de Pep Guardiolával összetűzésbe keveredett, és mennie kellett. Müller-Wohlfahrt nem értett egyet a spanyol szakember módszereivel, amit saját bevallása szerint többször szóvá tett neki, de nem hallgattak rá.
„Teljesen figyelmen kívül hagyta az orvosi szakmát. Nemcsak a rehabilitációról és a sérülések gyógyításáról volt szó, hanem a játékosok fájdalommentességéről. Totális ellentétben volt az én filozófiámmal. Lebecsült engem, parancsnokká akart tenni. Túlértékelte magát, azt hitte, mindent mindenkinél jobban tud, de én túl nagy falat voltam neki – nyilatkozta a ZDF-nek Hans-Wilhelm Müller-Wohlfahrt. – Nem tudta elviselni, hogy ugyanolyan vagyok, mint ő, ezért minden lehetőséget megragadott, hogy eltávolítson a klubtól.”
Guardiola három szezont töltött a Bayern Münchennél, majd 2016 nyarán a Manchester Cityhez szerződött, amellyel a jelenlegi szezonban még a triplázás (bajnoki cím, Ligakupa- és Bajnokok Ligája-győzelem) is összejöhet neki.