Flores korábban a Valenciát, a Benficát és az Atlético Madridot is irányította, utóbbival 2009–2010-ben Európa-ligát, valamint európai Szuperkupát nyert. 2015 januárjában hat meccs erejéig a Getafe kispadján ült, de nem jött ki a vezetőséggel, így idő előtt távozott. A spanyol szakember játékosként megjárta a Real Madridot is, mellyel 1994–1995-ben bajnok lett.
A Tőzsér Dánielt is a soraiban tudó Watford a második helyen végzett a Championshipben, egy ponttal a bajnok AFC Bournemouth mögött, így automatikus feljutást nyert a Premier League-be.