A lódzi születésű Saganowski annak idején a lengyel futball egyik legnagyobb tehetségének számított, már 1996-ban bemutatkozott a válogatottban. A nemzeti tizenegy tagjaként 16 mérkőzésen 3 gólt szerzett.
Három évvel ezelőtt pályára lépett a magyar-lengyel (1-2) Európa-bajnoki selejtezőn is, a 88. percben a két gólos Andrzej Niedzielant váltotta. Legutóbb május 14-én jutott szóhoz a gárdában.
Marek Saganowski játszott a Feyenoordban, a Hamburger SV-ben, a Vitoria Guimaraesben, az LKS Lódzban, a Legia Warszawában, jelenleg pedig a francia Troyes-t erősíti.