Két évvel a 2012-es visszavonulása után a holland válogatott pályaedzőjeként kapott munkát Ruud van Nistelrooy. Ezután, 2016-tól a PSV akadémiáján foglalkozott a támadókkal. 2018 júliusában átvette az U19-es csapat irányítását, a jelenleg futó évadban pedig az U21-es csapat kispadján találta magát. Sok sikerélménye nem volt, jelenleg a 11. helyet foglalja el a csapat az ifjúsági bajnokságban.

A következő idénytől vezetőedzőként próbálhatja ki magát a felnőttfutballban Van Nistelrooy, hiszen az eindhoveniek nem hosszabbítják meg Roger Schmidt nyáron lejáró szerződését, a helyére nevezték ki a klubban 1998 és 2001 között szereplő, 90 tétmérkőzésen 77 gólt jegyző korábbi kiválóságot.

„Mindig is az volt az álmom, hogy a PSV vezetőedzője legyek – mondta az excsatár, aki játékos-pályafutása során a Manchester Uniteddel és a Real Madriddal is nyert trófeákat. – Korábban úgy gondoltam, még egy évig tapasztalatokat kell gyűjtenem, de néha a dolguk a maguk útján mennek. Ez a megfelelő pillanat a következő lépés megtételére.”

Portugál sajtóhírek szerint Schmidt a következő kiírásban a Benficát fogja irányítani. Szakmailag túlzottan nem lehetett elégedetlen vele a PSV vezetősége – amely a következő hónapokban dönt a teljes szakmai stáb összetételéről –, mivel az Ajax mindössze két ponttal előzi meg csapatot a bajnokságban.