A 33 éves középső védő 2006 októberében vonult vissza a nemzeti csapattól, azt követően, hogy sorozatos sérülései miatt a pályafutása is veszélybe került. Nesta három világbajnokságon szerepelt, de 1998-ban és 2006-ban sérülés miatt hamar befejeződött számára a torna.

„A válogatottnak szüksége van Nestára – idézi a Corriere della Sera Lippit. – Beszéltem vele, mondtam neki néhány dolgot, és ezen a héten újra megkeresem őt."