Prati 1966-tól hét idényen át szerepelt a Milanban, majd megfordult többek között a Romában és a Fiorentinában, mielőtt 1981-ben visszavonult volna. Az olasz válogatottban 1968 és 1974 között 14 mérkőzésen lépett pályára, 7 gólt szerzett, tagja volt az 1968-as Eb-győztes csapatnak is – a döntő első meccsén pályára is lépett –, és benne volt a két évvel későbbi világbajnokságon ezüstérmet szerző csapat keretében is.
A Milannál 1968-ban bajnoki címet szerzett, egy évvel később pedig megnyerte a BL-elődjét, a BEK-et, ráadásul a döntőben máig ő az utolsó, aki mesterhármast szerzett. Előtte csak Alfredo di Stéfano és Puskás Ferenc volt képes erre – utóbbi ráadásul kétszer is, elsőre az Eintracht Frankfurt elleni fináléban négy gólt szerzett.
Prati a fentieken túl még két Olasz Kupát és két Kupagyőztesek Európa-kupáját is nyert, és 1969-ben elhódította csapatával az Interkontinentális Kupát, 1968-ban pedig olasz gólkirályi címet ünnepelhetett 15 találattal.